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小米手机短信自动消失可能有多种原因，以下是一些可能的原因和解决方法。
1、短信被删除：可能是自己或其他人误删了短信，这种情况下，如果短信备份功能已开启，可以在备份中恢复。
2、短信缓存被清理：小米系统会自动清理长期不使用或缓存过多的应用，可能包括短信应用，可以检查短信应用的设置，确保它不会被自动清理。
3、短信同步问题：如果使用了同步功能，可能会因为同步异常导致短信消失，可以尝试关闭再重新启动同步功能，或检查同步设置是否出现异常。
4、系统错误或应用冲突：有时系统错误或应用冲突也可能导致短信消失，可以尝试重启手机，或检查是否有新版本的MIUI系统可供更新。
5、短信服务异常：如果短信服务出现问题，也可能导致短信消失，可以联系小米客服寻求帮助。
如果以上方法都不能解决问题，建议备份手机数据并尝试恢复出厂设置，在此过程中，请确保重要数据的备份，以免丢失，如果问题仍然存在，建议到小米官方售后服务中心寻求专业的帮助，平时要定期备份手机数据，以防数据丢失造成不便。